水源保護區整治難以一步到位。由于各種各樣的原因，水源保護區一、二級保護區有的仍有大量居民生產(chǎn)生活，有的還存在一些建設項目和排污口沒(méi)有一步清理、整治到位。 （鞏義佳潔纖維球）
    如天津市于橋水庫，由于歷史和現實(shí)多方面原因，一級保護區內約兩萬(wàn)居民尚未遷出；山西省臨汾市霍泉水庫一級保護區內有廣勝寺風(fēng)景旅游區，屬于歷史人文類(lèi)型旅游開(kāi)發(fā)項目，無(wú)法拆除或關(guān)閉；許多水源地雖取締了一級保護區內網(wǎng)箱養殖項目，但二級保護區內仍有大量網(wǎng)箱存在，有的有旅游項目。由于其生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)活動(dòng)歸農林水利或旅游部門(mén)管轄，如何確保其不對水體產(chǎn)生污染，對環(huán)保部門(mén)提出了挑戰。
    鄉鎮和農村水源地保護及環(huán)境監管相對滯后。督查發(fā)現，與城市集中式飲用水水源地相比，鄉鎮和農村水源地保護剛剛起步，環(huán)境監管相對滯后。一是鄉鎮飲用水水源保護區劃定工作滯后。據環(huán)境保護部污防司公開(kāi)材料，目前我國27.3％的典型鄉鎮飲用水水源地尚未劃分保護區，劃分且已批復的水源保護區僅占水源地總數的24.8％；二是鄉鎮飲用水水源保護區標志設施建設缺口較大，58.7％的典型鄉鎮飲用水水源保護區尚未設置任何標志設施；三是鄉鎮飲用水水源地常規監測點(diǎn)位設置嚴重不足。2008年數據顯示，全國僅有14％的典型鄉鎮飲用水水源地設有常規監測點(diǎn)；四是沒(méi)有建立有效的環(huán)境監管機制。鄉鎮和農村水源地環(huán)境監管還缺乏完善的污染事故應急處置和環(huán)境應急預案等環(huán)境管理機制，水質(zhì)監測及信息發(fā)布能力薄弱。如長(cháng)治市長(cháng)子縣申村水庫的主管部門(mén)為水庫管理局，飲用水取水、農田灌溉由水利局負責，水產(chǎn)養殖由農業(yè)局負責，旅游開(kāi)發(fā)由旅游局負責，這些都是當地政府積極扶持的項目，縣環(huán)保局統一監管職能偏弱，監管能力和水平有待進(jìn)一步提高。
    農村面源污染難以有效監管和治理。集中式飲用水水源地絕大部分處于農村地區，在其劃定的保護范圍內，建設項目、排污口整治由于責任主體容易明確，環(huán)保部門(mén)開(kāi)展監管和整治取締工作相對容易一些，也做了大量工作，取得了明顯成效。但對位于保護區內的農村來(lái)講，農村生活污水和生活垃圾治理、衛生廁所改造、農業(yè)生產(chǎn)過(guò)程中的農藥和化肥污染防治、畜禽養殖(主要是專(zhuān)業(yè)戶(hù)、散養密集區)污染防治等方面的污染治理，由于面源污染涉及眾多分散的農戶(hù)、農村居民，還涉及農業(yè)生產(chǎn)模式升級、新農村建設等大的社會(huì )背景，僅僅依靠環(huán)保部門(mén)開(kāi)展這些工作難度很大。
    水源地保護與旅游開(kāi)發(fā)存在一定矛盾。北方地區由于水資源特別是地表水資源缺乏，河流、湖泊、水庫不但成為地方的供水水源，更因其風(fēng)景觀(guān)賞及旅游等特殊價(jià)值，成為周邊居民游覽休閑目的地，因此也成為各地競相開(kāi)發(fā)的對象。如山西省臨汾市霍泉水庫一級保護區內有廣勝寺風(fēng)景區，運城市白沙河一級保護區內有夏縣瑤臺山旅游風(fēng)景區，內蒙古自治區包頭市昆都侖水庫水源地二級保護區內有滑道、滑翔飛艇、急流漂筏等旅游項目。一方面，搞旅游開(kāi)發(fā)可以帶來(lái)直接利益；另一方面，飲用水水源保護不容閃失，旅游開(kāi)發(fā)給水源地保護監管造成了很大壓力。